Jeśli na komputerze używane jest oprogramowanie do skanowania antywirusowego, ze skanowania należy wykluczyć katalog ..\simias\WorkArea\. Na przykład w systemie Windows katalog ..\simias\WorkArea\ znajduje się w ścieżce c:\documents and settings\nazwa_użytkownika\local settings\application data\simias\WorkArea\.simias.wf.guid.
W katalogu ..\simias\WorkArea\ program iFolder przechowuje tymczasowo pliki pobierane z serwera. Jeśli w pliku zlokalizowanym w iFolderze znajduje się wirus i oprogramowanie antywirusowe znajdzie ten wirus w czasie, gdy plik znajduje się w katalogu ..\simias\WorkArea, skaner antywirusowy wyświetli komunikat o znalezieniu wirusa, przeniesie ten plik do obszaru kwarantanny, a program iFolder ponownie podejmie próbę zsynchronizowania pliku.
Wykluczenie ze skanowania katalogu WorkArea umożliwia zakończenie synchronizacji. Zainfekowany plik zostaje pomyślnie pobrany i przeniesiony do lokalnego iFolderu. Skaner antywirusowy wykrywa wtedy zainfekowany plik w iFolderze i przenosi go stamtąd do obszaru kwarantanny, chroniąc komputer przed infekcją. Program iFolder wykryje usunięcie pliku i podczas kolejnej synchronizacji usunie ten plik z serwera i komputerów członków.
Jeśli jednak iFolder, do którego został pobrany plik, jest przeznaczony tylko do odczytu, usunięcie lokalne nie jest odzwierciedlane na serwerze ani na komputerach członków. Wirus musi zostać wykryty w lokalizacji, w której uprawnienia umożliwiają synchronizację zmian. Skaner antywirusowy prawdopodobnie ostrzeże danego użytkownika o obecności wirusa, a użytkownik z kolei powinien ostrzec innych członków iFolderu.