Gdy klient programu iFolder jest używany z serwerem Novell iFolder 3.x, administrator systemu iFolder może określić ograniczenia dotyczące typów i rozmiarów plików na poziomie systemu, użytkownika lub iFolderu. Dla danego konta można także ograniczyć ilość miejsca przeznaczonego na dane w posiadanych iFolderach. Gdy inne osoby współużytkują dany iFolder, miejsce zużywane przez nich na serwerze obciąża konto właściciela tego iFolderu.
Pewne typy plików nie są dobrymi obiektami do synchronizacji, na przykład pliki systemu operacyjnego, pliki ukryte tworzone przez menedżera plików lub bazy danych implementowane jako zbiór połączonych plików. Synchronizacją można objąć tylko najważniejsze typy plików używane do celów biznesowych lub wykluczyć z niej pliki, które zwykle nie są związane z działalnością firmy, na przykład pliki mp3.
Katalogów systemowych nie należy konwertować na iFoldery. Większość plików systemowych rzadko ulega zmianie i lepiej jest zapisać je w pliku obrazu zawierającym podstawowy system i kluczowe oprogramowanie niż próbować synchronizować te pliki z wykorzystaniem serwera.
Jeśli system plików korzysta z plików ukrytych do śledzenia preferencji wyświetlania, administrator może ograniczyć używanie tych typów plików, wykluczając je z synchronizacji. Pliki ukryte zwykle mają znaczenie tylko w kontekście danego komputera, na którym zostały utworzone, i ulegają zmianom podczas każdego dostępu do danego pliku lub katalogu. Zachowywanie tych plików nie jest potrzebne, a ich synchronizowanie prowadzi do powtarzających się błędów wynikających z konfliktów.
Na przykład program iFolder automatycznie wyklucza dwa pliki menedżera plików o nazwach thumbs.db i .DS_Store.
Program iFolder synchronizuje pojedyncze pliki lub zmodyfikowane części indywidualnych plików, ale nie synchronizuje całych zestawów plików. W przypadku bazy danych, która jest zaimplementowana jako zbiór połączonych plików, nie należy podejmować prób synchronizowania ich w iFolderze.
Nie należy synchronizować danych programu GroupWise®, umieszczając w iFolderach takich elementów, jak archiwa GroupWise, bufory i katalogi zdalne. Po kilku operacjach synchronizacji plików z danymi programu GroupWise ulegną one uszkodzeniu. Program GroupWise wymaga, aby pliki w archiwum były obsługiwane jako zestaw.